當我們對價值鏈上每一個職能都完成了跨部門的流程優化，只是解決了每一個職能內部的流程優化問題，但價值鏈上各個職能之間也有著協作關系，特別是核心職能“研、產、供、銷”之間有著非常緊密的協作關系，這就需要開展系統優化組織流程的第三步，即組織流程框架設計。

怎么開展組織流程框架設計呢，需要借助流程軟件畫流程圖。例如水務公司的組織流程框架圖，橫軸上標明的是價值鏈的核心職能，包括“戰略規劃”、“采購供應”、“管網管理”、“供水管理”、“營銷管理”“績效監測”、“改進提升”等，縱軸上標明的各個部門，包括“財務部”、“生產部”、“營銷部”、“管網部”等。這個圖上可以畫出每一個職能的流程，例如“管網管理流程”、“供水管理流程”等，也可以標出不同職能之間的協作關系，例如水廠制水然后輸送到管網，再然后管網供水到千家萬戶，再然后營銷部去千家萬戶抄表收費，等等。這個框架圖的繪制過程，本身就是一個組織流程的系統優化過程。

通過以上三步，理順價值鏈上各個核心職能之間的順序關系，再優化價值鏈上每一個職能的跨部門流程，再進一步優化價值鏈上不同職能之間的協作關系，就完成了組織流程的系統優化。

也許有人會問，這個系統優化有什么實際意義呢？有四個方面的意義：

首先，理順了各個部門的協作關系，可以用于優化組織結構；

第二，可以為系統優化流程制度體系提供一個符合企業特色的框架；

第三，可以為戰略目標做流程分解；第四，可以用于信息系統規劃。